تعاني مؤسسات المجتمع المدني في بلادنا من مجموعة من المشكلات التي أدت إلى تراجع مستوى الدور الذي تؤديه على صعيد العمل السياسي والاجتماعي والثقافي وغير ذلك وهذه المشكلات إما أن تكون مشكلات عامة تواجهها غالبية هذه المؤسسات بغض النظر عن طبيعتها أو نوعية نشاطها وموضعها ضمن التقسيمات السابقة أو مشكلات ذات خصوصية بحسب طبيعة القطاع الذي تعمل فيه مؤسسات بعينها..ومن هذه المشكلات ، مشكلات ذات طبيعة عامة : وهي جميعًا مشكلات تتعلق بالأحوال العامة للمجتمع اليمني منها:- مشكلات سياسية تتعلق بسوء تعامل الحكومة والأحزاب ومؤسساتها مع المجتمع المدني على الرغم من أهمية الدور الذي تلعبه.. كاتخاذ بعض الإجراءات بحق قادة العمل الحزبي والنقابي والأهلي بغرض تضييق الحصول على المعلومات التي تسعى جمعيات حقوق الإنسان إلى جمعها لا سيما حول أوضاع السجناء وحالات التعذيب التي تتم في مراكز الشرطة أو السجون وغير ذلك، وأيضًا أمام الصحف ومراكز الأبحاث التي تسعى إلى تحقيق شكل من أشكال الشفافية حول أداء مؤسسات الدولة السياسية والاقتصادية والأمنية ومدى جودة وجدية هذا الأداء.. - الحالة الاقتصادية التي تمر بها البلاد في الوقت الراهن التي أدَّت إلى عدم وصول الدعم المالي اللازم لهذه المؤسسات لكي تتمكن من أداء الأدوار المنوطة بها . - مستوى الثقافة السياسية والبنية المؤسسية في بلادنا والتي تتيح حال كونها سليمة بيئة عمل ملائمة للمجتمع المدني ومنظماته المختلفة.،. كل ذلك مع وجود مشكلات اجتماعية ومعيشية أخرى أدَّى إلى انشغال شرائح عريضة من أبناء المجتمع عن المشاركة في العمل العام والتطوعي، والذي يتم بالأساس عن طريق المجتمع المدني ومؤسساته. - حالة الفساد الإداري والمالي التي تعاني منها غالبية المؤسسات المدنية وخاصة الجمعيات الأهلية والصراعات السياسية الموجودة في البعض الآخر مثل الأحزاب والنقابات، كلها أدت إلى انعدام فاعليتها وعدم وجود أي نشاط فعلي لغالبية الجمعيات الأهلية .- اختزال وسائل المجتمع المدني ومؤسساته في الجمعيات الأهلية والتعاونية وجمعيات النفع العام فقط وجعلها عنوانًا للمجتمع المدني في البلاد مع جهل تام بدور جمعيات حقوق الإنسان ومراكز الأبحاث والنقابات وغيرها من التنظيمات المدنية الأخرى.
