تقوم مدينة عطبرة السودانية على ارتفاع 350متراً عن مستوى سطح البحر ، وهي تقع عند التقاء نهر النيل برافده ، وتمثل موقعا جغرافيا ممتازاً قامت عليه المدينة إلى الشرق من نهر النيل وإلى الشمال من العطبرة. وهي على بعد 611 كلم شمال الخرطوم العاصمة، وتمتاز المدينة بقرب موقعها من الموانئ والعواصم الإدارية. تمثل المدينة أيضاً عقدة مواصلات جيدة، تربط إقليمها مع أجزاء السودان المختلفة بالخطوط الحديدية والطرق. وقد أدى هذا الموقع الممتاز إلى اختيارها رئاسة ومركزا للسكك الحديدية. وتتفرع من عطبرة الخطوط الحديدية إلى بور سودان عبر الصحراء الشرقية، وإلى وادي حلفا شمالا على طول الصحراء النوبية، وإلى الخرطوم العاصمة جنوبا. تظهر الأرض شبه مستوية من موضع المدينة، ولكنها ترتفع قليلا في أجزائها الشرقية والشمالية عن مناطقها الأخرى، وتتدرج في الانخفاض نحو نهر النيل والعطبرة، حيث الخضرة وكثرة الأشجار، بينما يسيطر الجفاف على المناطق الشمالية والشرقية التي تبعد عنها. وكان من نتائج انحدار الأرض على هذه الصورة أن ظهرت المجاري المائية (الأخوار) بكثرة في هذه المنطقة، وقد أثرت في تحديد طريقة العمران واتجاهاته إلى حد كبير. فهناك ستة مجارٍ مائية رئيسة، ثلاثة منها في الاتجاه الشمالي الجنوبي، أي إنها تنحدر من الشمال وتصب في نهر العطبرة. وتمتد المجاري الثلاثة الأخرى في الاتجاه الشرقي إلى ناحية الغرب وتصب في النيل الرئيسي. وثلاثتها توجد في منطقة قرى الداخلة والسيالة في شمال غرب المدينة. وتقوم هذه المجاري بتصريف مياه الأمطار.تعتبر فترة ما بعد عام 1950 مرحلة التطور الحقيقي في المدينة، وخاصة في انتشار الأحياء السكنية الجديدة لأول مرة، والبدء في إعادة تخطيط معظم الأحياء القديمة حتى تتمشى مع التطور الحديث، إلى جانب التوسع في توفير المياه والإنارة لمعظم مناطقها. ومن ضمن مشاريع إعادة التخطيط ترحيل منطقة الانادي إلى شرق المدينة وخططت كمنطقة سكنية من الدرجة الثالثة. وفي العام نفسه أعيد تخطيط قرية الداخلة القديمة كمناطق سكنية من الدرجتين الثالثة والثانية إلى الشرق من القرية القديمة.