المجرى المائي يقصد به شبكة المياه السطحية والمياه الجوفية التي تشكل بحكم علاقتها الطبيعية بعضها ببعض، كلا واحدا وتتدفق عادة صوب نقطة وصول مشتركة، أما المجرى المائي الدولي فيقصد به اي مجرى مائي تقع اجزاؤه في دول مختلفة. ودولة المجرى المائي يقصد بها الدولة الطرف في هذه الاتفاقية التي يقع في اقليمها جزء من مجرى مائي دولي، او طرف يكون منظمة اقليمية للتكامل الاقتصادي يقع في اقليم دولة او اكثر من الدول الاعضاء فيها جزء من مجرى مائي دولي. يعتبر نهــر النيل أطول أنهار العالم حيث يمتد من منابعه الإستوائية حتى مصبه في البحر المتوسط مسافة 6650 كم (4157 ميلا) ، و يقع نهر النيل داخل تسع دول إفريقية ( بروندي - رواندا - زائير - تنزانيا - أوغندا - كينيا - أثيوبيا وهي دول المنبع ، مصر - السودان دول المصب )، ينبع نهر النيل من العديد من البحيرات و النهيرات الإفريقية مثل بحيرة فيكتوريا، بحيرة إدوارد، بحيرة ألبرت(موبوتو) و بحيرة تانا ثــم يخترق النيـــل أراضى السودان حيث يلتقى النيل الأبيض بالأزرق ثم إلى نهر عطبرة ثم إلى مصر . فحوض النيل ظاهرة جغرافية طبيعية مهمة تخترق عشر دول افريقية وعربية تختلف فى سماتها الاجتماعية وتركيباتها السكانية ومعتقداتها الدينية. برزت فى القارة مجالات مهمة للتعاون الإفريقي خاصة في منطقة حوض النيل في المجال المائي ومشروعاته، خاصة في الفترة الأخيرة، حيث تحول التنافس والتضامن بين دول حوض النيل الى تعاون مثمر ومفيد للجميع، ينمي الموارد المائية ويختصر الطاقة التي كانت تضيع هباء ويزيد من فرص الاستثمار نحو نمو الإنتاج الزراعي وموارد الطاقة سواء على المستوى المحلى او الإفريقي، فكان الحوار العربي/ الإفريقي، والافريقي/ الافريقى ومواجهة التحديات التى تتعرض لها الدول العشر التي تقع على حوض النيل سياسيا واقتصاديا. وخضعت السياسة المائية في مصر والسودان للتطورات السياسية فأصبحت مياه النيل توزع بقواعد في إطار مشترك بين جانبين ومع إنشاء مشروع الجزيرة بالسودان وادخال زراعة القطن بالسودان اعتبارا من عام 1904 وازدياد بريطانيا بمياه النيل في تعيين العديد من الخبراء والمستشارين في إدارات الري في مناطق السيطرة في حوض النيل. فالسودان بالنسبة لمصر يشكل أهمية خاصة، حيث إنه ملتقى روافد نهر النيل القادمة من اثيوبيا عبر النيلين الأبيض والأزرق لتعبره في اتجاه مصر، وقد حظيت العلاقة المائية بين البلدين بإهتمام خاص لإعتبارات الجغرافيا والتاريخ والدين واللغة والمصاهرة‏ فضلا عن الموقع السياسي للسودان بالنسبة لمصر‏، يضاف إلى ذلك كونهما دولتي مصب‏، لذلك فإن تعاونهما سوف يكفل لهما وضعا مساندا بين دول حوض النيل. ويشهد التعاون الفني مع السودان نشاطاً في استخدامات مياه النيل، فمنذ قيام الهيئة الفنية المشتركة لمياه النيل أسفر التعاون الفني عن دراسات وبحوث على طول مجرى نهر النيل في منابعه بالسودان وإعداد مشروعات مشتركة لزيادة إيراد النيل التي ستنفذ لمصلحة الدولتين وسيكون لها عائد اقتصادي واجتماعي كبير عليهما ومنها قناة جونجلي التي تم تنفيذ 70 % منها، والتي سيؤدي استكمالها وتشغيلها إلى توفير 4 مليارات متر مكعب من المياه في مرحلتها الأولى بكل دولة، وبالتالي زيادة الحصص المائية للدولتين وإقامة مشروعات تنمية اجتماعية واقتصادية فى جنوب السودان. وتسهم الهيئة المشتركة لنهر النيل بين البلدين في دعم مبادرة حوض النيل لخدمة جميع دول حوض النيل للتنمية واستغلال الطاقة المتاحة من نهر النيل كما اتفق البلدي ان على إنشاء شركة مصرية سودانية مشتركة تهدف إلى تطوير المجرى الملاحي لنهر النيل سواء من خلال التطهير أو وضع العلامات الإرشادية بالإضافة إلى تطهير الصنادل وأجهزة الصيانة الملاحية من خلال الاستفادة من خبرات وإمكانيات البلدين. وقد بدأت وزارة الموارد المائية والري بالتعاون مع وزارة الزراعة واستصلاح الأراضي في إعداد الرسومات الهندسية الخاصة بأعمال تنفيذ البنية الأساسية للري والصرف لزراعة مساحة 150 ألف فدان جديدة بولاية أعالي النيل بالسودان والتي سيتم زراعتها بالعديد من المحاصيل الزراعية وفي مقدمتها الحبوب والقمح والتي تنفذها الشركة المصرية السودانية، والبدء فى إكمال مشروع قناة ((جونجلي)) التي تم حفر 80 % منها والذي تتقاسم عوائده المائية كل من مصر والسودان. فهنالك امكانية للتعاون فى مجال المياه وذلك لخلق تكامل وتطبيع اقتصادي وسياسي كامل، والمشاركة في مشاريع محددة تخلق شبكة من العلاقات والمصالح التجارية المتبادلة بين الدولتين، فالصورة في منطقة حوض النيل تنبئ بالكثير من المتغيرات والمستجدات المستقبلية التي يصعب معها الاكتفاء باتفاقية ثنائية بين مصر والسودان، ولذلك لابد من إيجاد إستراتيجية للتعاون المائي ومن أجل تقليل المخاطر والأطماع الغربية التي تتعرض لها الدولتان. والتأكيد على ضرورة التعاون المائي بين البلدين وذلك من خلال الربط الكهربائي، فمصر تعتمد بشكل كبير على الغاز فالربط الكهربائى يمكن ان يوفر للسودان طاقة رخيصة، وكذلك الاستفادة من الخبرة المصرية لتطوير الزراعة الحديثة في السودان وبتنظيم استغلال مياه نهر النيل بما يحقق صالح كل من مصر والسودان في حدود الحصص المقررة لكل منهما، والتعاون بين الدولتين بغرض إقامة مشروعات تزيد من حجم تدفق المياه وتقليل الفاقد. كما حرصت كل من مصر والسودان على التنسيق المائي فيما بينهما وقد انعكس ذلك على ترابط الدولتين خلال الأزمة التي نشأت خلال عام 2009 حول الاتفاق الإطاري للتعاون القانوني والمؤسسي لاتفاقية حوض النيل لإعادة تقسيم المياه، وإنشاء مفوضية لدول حوض النيل، والذي أعدته دول المنبع ورفضت مصر التوقيع عليه ، مستندة إلى المطالبة بالمحافظة على الحقوق التاريخية والامتيازات القانونية الخاصة بحصة مصر والإخطار المسبق.